มูลนิธิ EDF บริหารงานโดยมี คณะกรรมการบริหารมูลนิธิ (Board of Directors) เป็นที่ปรึกษาและให้คำแนะนำในการกำหนดนโยบาย และพิจารณาแผนงานบริหารและงบประมาณประจำปี โดยมีนายเทรุมาสะ อาคิโอะ เป็นประธาน นอกจากนี้ยังมีคณะกรรมการ ที่ได้รับการแต่งตั้งมาจากบุคคลผู้ทรงคุณวุฒิ และมีประสบการณ์ในด้านการพัฒนาการศึกษาของประเทศไทยมาเป็นเวลานาน เช่น ดร.ธงชัย ชิวปรีชา อตีตผู้อำนวยการสำนักงานส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (สสวท.) และผู้ก่อตั้งโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ และโรงเรียนกำเนิดวิทย์ เป็นต้น 

มูลนิธิ EDF แบ่งการบริหารงานออกเป็น 4 ส่วนหลักๆ ได้แก่ (1) ฝ่ายบริหารและการเงิน (2) ฝ่ายรณรงค์ทุนและประชาสัมพันธ์ (3) ฝ่ายทุนการศึกษาและโครงการ  (4) ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ และการสื่อสาร โดยจัดให้มีการรายงานผลการดำเนินงาน นำเสนอแผนงาน และรายงานทางการเงิน ต่อที่ประชุมคณะกรรมการบริหารมูลนิธิ (การประชุมสามัญประจำปี) เป็นประจำทุกปี